Các giai đoạn hình thành và phát triển: Khuôn Hội Phật Giáo Diêm Phụng thành lập vào năm 1947, Ban đầu sinh hoạt tại Chùa Từ Duyên (chùa làng), thuộc hai làng Diêm Trường và Phụng Chánh. Khuôn trưởng đầu tiên là Đạo hữu Nguyên Thi-Nguyễn Xuân Luân.
Năm 1956, vì muốn có điều kiện sinh hoạt thuận tiện và không muốn bị chi phối bởi nhiều tập tục tế lễ của dân gian, nên đã quyết định tìm địa điểm mới để di chuyển nơi sinh hoạt và bắt đầu thành lập ngôi Chùa Diêm Phụng kể từ đó. Ban đầu chỉ bằng tranh tre, lá nứa, bốn bề yên tĩnh, thanh bình. Địa điểm của Chùa có không gian rộng thoáng, hướng mặt theo khúc lượn uốn cong của đầm phá Thủy Tú-Tam Giang, tạo nên phong cảnh hữu tình của vùng sông nước quê hương.
Tên gọi của Chùa: Để gắn kết tình làng, nghĩa xóm, quy hướng Phật tử và con dân của hai làng Diêm Trường và Phụng Chánh quay về một mối, nên chư vị trưởng lão của hai làng, Phật tử và Nhân dân đều đồng thuận lấy theo tên gọi nhân gian là Chùa DIÊM PHỤNG, là lấy ý nghĩa ghép chữ đầu tên của cả hai làng, DIÊM là trượng trưng cho làng Diêm Trường, PHỤNG là tượng trưng cho làng Phụng Chánh để có tên Diêm Phụng.
Ngoài ra, Chùa còn có một tên gọi khác nữa, nhân duyên cũng chính là lần đặt viên đá đầu tiên xây dựng Niệm Phật Đường Diêm Phụng, do Cố Đại Lão Hòa Thượng Thích Mật Nguyện, Chánh Đại Diện Phật Giáo tỉnh Thừa Thiên Huế lúc bấy giờ đặt tên.
Cố Đại Lão Hòa Thượng đã không quản đường xá xa xôi, cách trở, nhận lời thỉnh cầu của Phật tử tại đây, đã về tận miền quê này để đặt viên đá đầu tiên để xây dựng Chùa. Sau khi nhìn thấy không gian và tấm lòng của những người con Phật tại đây, đã ung dung mỉm cười, lặng lẽ sau một phút suy ngẫm và quyết định ban cho Niệm Phật Đường Diêm Phụng một danh hiệu khác đó là Chánh Giác Tự.
Năm 1958 - 1959 Chùa đã xây dựng lại lần thứ 2 nhưng vẫn còn khiêm tốn, Phật tử sinh hoạt ngày mỗi đông nên Chánh điện không đủ chỗ để hành lễ trong những dịp của bà con Phật tử đến Chùa, nhất là những ngày lễ lớn.
Năm 2002, Chùa đã được khởi công Đại trùng tu lần thứ 3 sau ngày Phật đản PL 2546 (2002). Sau lần đại trùng tu này Chánh điện đã được xây dựng theo mô hình của Chùa Từ Đàm cũ, gồm tiền đường, hậu tẩm trang nghiêm, rộng thoáng.
Kế thừa và phát huy: Trong suốt thời gian qua, kể từ ngày thành lập từ năm 1947 cho đến nay, nơi đây có lẽ là một danh thắng địa linh, một vùng đất Phật thiêng liêng, mặc dù chiến tranh loạn lạc, phương tiện giao thông cách trở, lúc còn hoang sơ Chư tôn đức lãnh đạo Giáo hội đã từng về Phật sự nơi đây, phải qua sông vượt Phá, đò giang cách trở. Vì Phật sự, vì thương tưởng chúng sanh, với hạnh nguyện phục vụ chúng sanh là cúng dường Chư Phật mà quý vị ân Sư đã vân du hóa đạo về vùng đất xa xôi này. Thời gian như nước chảy xuôi dòng, nhưng trong lòng người dân, Phật tử tại đây mãi hằng in dấu ấn những vị ân Sư.
Chùa Chánh Giác-Diêm Phụng hôm nay: Ngày 28/8/2010 (19/7/Canh Dần), Ban Hộ tự Niệm Phật đường Diêm Phụng đã tổ chức Lễ kỷ niệm 63 năm ngày thành lập Khuôn hội và 54 năm thành lập Gia đình Phật tử dưới sự chứng minh tham dự của Hòa Thượng Thích Giác Quang - Phó Trưởng Ban Thường trực Ban Trị Sự Giáo Hội Phật Giáo tỉnh Thừa Thiên Huế cùng đông đảo Chư Tôn đức Tăng ni và bà con Phật tử ở trong và ngoài nước đã đến dự.
Trải qua 70 năm sinh hoạt, đến nay Khuôn hội Diêm Phụng đã có 11 đạo hữu làm Khuôn trưởng, Khuôn trưởng hiện nay là Đạo hữu Nguyên Ái-Nguyễn Văn Thoại. Chùa Diêm Phụng từng là văn phòng trung tâm Phật giáo huyện Phú Lộc.
Ngày 22/7/2011 Đại đức Thích Hồng Nghĩa (lúc bấy giờ) sau nhiều lần thăm viếng và làm phật sự tại huyện Phú Lộc về đảm nhận trú trì Chùa, đã tổ chức nhiều hoạt động Phật sự tốt đẹp, làm cho vùng đất Vinh Hưng trầm lắng bỗng trở nên tươi mới hơn. Đồng thời cũng đã tiến hành cải tạo khuôn viên, trùng tu và xây dựng mới nhiều hạng mục công trình của Niệm Phật đường.
Chùa Chánh Giác-Diêm Phụng hôm nay như được mang trên mình linh khí mới. Đến Chùa Diêm Phụng không ai là không mãn nhãn, tâm hồn lắng lại vì cảnh quang của Chùa với những kiến trúc cổ kính, có nhiều loài hoa quý, như phong lan, mộc, lộc vừng… khoe sắc, tỏa hương thơm ngát quanh năm, với nhiều cây xanh cổ thụ phủ đầy bóng mát, làm cho sơn thủy cùng lòng người trở nên trong lành, mát rượi.