Tổ chức đảng và hệ thống chính trị có bước đổi mới quan trọng, từ thể chế, tổ chức bộ máy, cơ chế vận hành, đến nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động, xây dựng đội ngũ cán bộ các cấp, nhất là cán bộ cấp chiến lược; chỉnh đốn lề lối, tác phong công tác; siết chặt kỷ luật, kỷ cương, kiểm soát quyền lực, phòng chống tham nhũng, lãng phí; tăng cường quan hệ mật thiết giữa Đảng, Nhà nước với nhân dân. Giáo dục, rèn luyện phẩm chất đạo đức cách mạng được đặc biệt coi trọng, có tác dụng quan trọng trong đấu tranh ngăn chặn và đẩy lùi tình trạng suy thoái tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, phát huy vai trò tiền phong gương mẫu của đảng viên. Qua thực tiễn xây dựng Đảng và hệ thống chính trị, nền dân chủ xã hội chủ nghĩa ngày càng được củng cố; quyền con người, quyền công dân được bảo đảm tốt hơn; tổ chức bộ máy, cơ chế vận hành của hệ thống chính trị từng bước được đổi mới, hoàn thiện, nâng cao hiệu quả.
Xây dựng Đảng và hệ thống chính trị trong sạch, vững mạnh là nhân tố quyết định tạo nên những thắng lợi to lớn, có ý nghĩa lịch sử của công cuộc đổi mới ở Việt Nam hơn 30 năm qua. Thông qua xây dựng Đảng và hệ thống chính trị, Đảng Cộng sản Việt Nam trưởng thành hơn trong lãnh đạo sự nghiệp đổi mới, nâng cao năng lực lãnh đạo và cầm quyền, tăng cường mối quan hệ gắn bó mật thiết với nhân dân, khơi dậy tiềm năng sáng tạo, phát huy quyền làm chủ của nhân dân, khuyến khích nhân dân tham gia xây dựng Đảng và quản lý Nhà nước.
Tuy nhiên, xây dựng Đảng và hệ thống chính trị cũng bộc lộ những yếu kém, khuyết điểm: năng lực dự báo, định hướng chính sách, thể chế hóa, cụ thể hóa để tổ chức thực hiện vẫn là khâu yếu, còn khoảng cách với đòi hỏi của thực tiễn. Năng lực và hiệu quả lãnh đạo của Đảng, hiệu quả quản lý, điều hành của Nhà nước, hiệu quả hoạt động của các đoàn thể chính trị - xã hội chưa nâng lên kịp với đòi hỏi của tình hình nhiệm vụ mới. Bộ máy Đảng, Nhà nước, đoàn thể chậm được sắp xếp lại cho tinh giản và nâng cao chất lượng, còn nhiều biểu hiện quan liêu, vi phạm quyền dân chủ của nhân dân. Công tác tuyển chọn, bồi dưỡng, thay thế, trẻ hoá, chuẩn bị cán bộ kế cận còn lúng túng, chậm trễ. Quản lý, giáo dục đảng viên chưa được quan tâm đúng mức, hiệu quả chưa cao. Năng lực và phẩm chất của đội ngũ cán bộ của hệ thống chính trị chưa tương xứng với yêu cầu của nhiệm vụ. Một bộ phận cán bộ, đảng viên phai nhạt lý tưởng cách mạng, tha hoá về phẩm chất đạo đức; sức chiến đấu của một số tổ chức cơ sở Đảng chưa cao. Chất lượng sinh hoạt Đảng, tính chiến đấu trong tự phê bình và phê bình còn yếu, thực hiện trách nhiệm nêu gương của đảng viên nhiều nơi thiếu nền nếp, chưa trở thành ý thức tự giác. Chưa đạt hiệu quả cao trong đổi mới phương thức lãnh đạo, cầm quyền của Đảng; chưa phân định rõ vai trò lãnh đạo tập thể và trách nhiệm cá nhân; thực hiện kiểm soát quyền lực chưa tốt. Cơ chế “Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ” chậm được thể chế hóa một cách đồng bộ. Còn nhiều yếu kém trong quản lý kinh tế - xã hội, để nhiều vụ việc tồn đọng kéo dài, chậm được xử lý, gây bức xúc trong nhân dân.
Hệ thống chính trị ở cơ sở hiện nay còn nhiều mặt yếu kém, bất cập trong công tác lãnh đạo, quản lý, tổ chức thực hiện và vận động quần chúng. Tình trạng tham nhũng, quan liêu, mất đoàn kết nội bộ, vừa vi phạm quyền làm chủ của dân, vừa không giữ đúng kỷ cương, phép nước xảy ra ở nhiều nơi, có những nơi nghiêm trọng. Chức năng, nhiệm vụ của các bộ phận trong hệ thống chính trị chưa được xác định rành mạch, trách nhiệm không rõ; nội dung và phương thức hoạt động chậm đổi mới, còn nhiều biểu hiện của cơ chế tập trung quan liêu, bao cấp. Đội ngũ cán bộ cơ sở ít được đào tạo, bồi dưỡng; chính sách đối với cán bộ cơ sở còn chắp vá. Có thể khẳng định, trước yêu cầu mới ngày càng cao của sự nghiệp cách mạng, sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hóa đất nước, cùng với đổi mới nền kinh tế, từng bước đổi mới kiện toàn hệ thống chính trị là đòi hỏi khách quan, yêu cầu cấp bách.